加工增值免關(guān)稅政策是海南自由貿(mào)易港核心政策之一。封關(guān)運(yùn)作前，加工增值試點(diǎn)企業(yè)采購(gòu)的境內(nèi)料件不對(duì)海南自產(chǎn)貨物進(jìn)行區(qū)分，在計(jì)算加工增值率時(shí)要扣除全部境內(nèi)料件。封關(guān)后，加工增值免關(guān)稅政策在增值率計(jì)算方面進(jìn)行了優(yōu)化，即把境內(nèi)采購(gòu)料件區(qū)分為海南自產(chǎn)貨物和內(nèi)地貨物，經(jīng)認(rèn)定的海南自產(chǎn)貨物價(jià)值可以從加工增值備案企業(yè)使用的境內(nèi)采購(gòu)料件價(jià)格中扣除，計(jì)入增值部分。這將鼓勵(lì)加工增值企業(yè)在生產(chǎn)過(guò)程中使用海南自產(chǎn)貨物，有利于海南自產(chǎn)貨物企業(yè)與加工增值企業(yè)保持更加緊密的合作關(guān)系，鼓勵(lì)海南本地產(chǎn)業(yè)發(fā)展。

《海南自由貿(mào)易港加工增值免關(guān)稅政策項(xiàng)下海南自產(chǎn)貨物認(rèn)定管理暫行辦法》明確了海南自產(chǎn)貨物與內(nèi)地貨物的區(qū)分標(biāo)準(zhǔn)、認(rèn)定條件和程序、海南自產(chǎn)貨物使用管理等相關(guān)內(nèi)容。一是要求申請(qǐng)主體在海南自由貿(mào)易港進(jìn)行市場(chǎng)主體登記注冊(cè)，且具有獨(dú)立法人資格，并將海南自產(chǎn)貨物限定為在海南自由貿(mào)易港完全獲得、生產(chǎn)的貨物及其加工制成品。二是依托中國(guó)（海南）國(guó)際貿(mào)易“單一窗口”實(shí)行線上市縣初核、省級(jí)復(fù)核，并經(jīng)公示無(wú)異議后，申請(qǐng)的企業(yè)（貨物）將納入名錄管理，可以向相關(guān)的加工增值備案企業(yè)提供海南自產(chǎn)貨物。